主流品種は西洋南瓜です。外皮は濃い緑色、味はほくほくとしています。西洋南瓜系にはみやこ南瓜、栗南瓜、えびす南瓜、日本南瓜系には小菊南瓜、日向南瓜などの南瓜があります。南瓜は国産やニュージーランドを主軸とした輸入品で通年国内に流通します。

赤皮南瓜は濃い橙（オレンジ）色をした南瓜です。西洋系の赤皮南瓜はホクホクとしていますが、黒皮、白皮と比較し肉質がねっとりしています。赤皮南瓜は黒皮南瓜のように通年流通していません。旬の時期のみ購入することができる南瓜です。

白皮南瓜は皮が白系をした南瓜です。甘味が強めで肉質がホクホクしています。白皮系の南瓜は比較的貯蔵性にも優れています。白皮南瓜は黒皮南瓜のように通年流通していません。旬の時期のみ購入することができる南瓜です。

通常の南瓜より1/3程度の小さな南瓜です。ミニ南瓜の中の坊ちゃん南瓜という南瓜は大きさから中をくり抜いてそのまま食べれる受け皿として利用されます。また他のミニ南瓜は、品種よっては生食可能なものがあり漬物などに利用されています。